上海医药工业研究院创建于1957年，是一家综合性、应用型的国家级医药工业技术研究机构，在国内医药界乃至海外享有盛誉，曾先后隶属于国家化工部、医药局、药监局。2000年10月转制为国有重要骨干企业，先后隶属于中央企业工委、国务院国资委。2010年4月，我院与国药集团、中国生物技术集团重组以打造中央企业医药健康产业平台，把新国药集团培育成一个具有国际竞争力的大型医药企业集团。2010年11月，经国药集团董事会研究决定，在我院和四川抗菌素工业研究所的基础上，建立中国医药工业研究总院。历史上的上海医药工业研究院，始终以贴近国际医药技术创新前沿，贴近国家创新战略，贴近医药行业市场的现实与未来创新需求的特色和实力，不断拓展事业领域，扎根于中国医药工业并与其共同成长，形成了产学研一体化发展的格局，科研水平及贡献率在国内医药类应用型科研院所中居龙头地位，在我国创新药物研究和国家生物医药产业发展中拥有坚实地位。建院后的五十多年时间里，上海医工院众多科研成果相继推广转化为生产力。70年代以前国内医药行业吸纳的科研成果大多出自我院。改革开放以来，我院研发的溶血栓药物高纯度尿激酶、抗肿瘤抗生素阿霉素、一类新药新型半合成头孢菌素头孢硫脒、胶原酶以及维生素B6恶唑还原合成新工艺、依托泊甙生产工艺、维生素C生产工艺、药物制剂缓控释技术等2000余项重大科研成果，推广到各省、市、自治区转化为生产力，有力推动了我国医药工业的升级换代，改变了国内市场对国外相关药物的进口依赖。值得一提的是，部分实现产业化的治疗重大疾病的科研成果，大大降低了生产企业原料成本，带动国内制剂产品降价，迫使国外产品的进口价大幅下降，造福社会，惠及民生。截至到2010年12月底，上海医工院累计申报专利总数900余项，获得授权专利总数近300项，新药证书总数达到275余本。先后获国家科技发明奖14项，国家科技进步奖15项，上海市科技进步奖等省部级科技进步奖280余项。尤其是2005年以来，我们连续5年获得6项国家技术发明奖、国家科技进步奖，连续7年获得8项上海市技术发明一等奖、科技进步奖一等奖，充分体现了上海医工院以专利战略推进自主知识产权成果的涌现、引领医药行业技术创新的使命。近年来，上海医工院以建立产学研联盟或联合试验室等形式，与行业内重要企业开展合作，如：与石药集团建立抗生素产业技术创新联盟，与华药集团建立微生物药物技术创新战略联盟等等，取得众多合作成果。如，我院的普利类药物技术，使华海制药成为世界普利类药物专家工厂；蒽环类系列抗肿瘤抗生素技术，使浙江海正医药迅速壮大；抗肿瘤化学药物，使恒瑞制药成为国内抗肿瘤化学药物领先企业，等等。进入新世纪以来，国家不断加大以企业为主体的技术创新体系建设力度，在国家推进产学研相结合的技术创新体系构建过程中，我院通过重大品种和工艺技术转移，对带动企业发展、促进行业发展的作用依然十分巨大，不可推辞地担当着作为国家医药行业的技术创新基地的职责。2008年底，经过国家严格评审，上海医工院从参与竞争的20余家知名高校、科研院所中脱颖而出，自2009年起，开始建设新药创制重大专项中最体现技术创新综合实力的综合性新药研究开发技术大平台，以及新制剂与新释药系统、药物安全评价技术平台等子平台。在国家十一五重大新药创制专项第一批批准的6个企业创新药物孵化基地中，有4家企业具有上海医工院的技术成果支撑。所有这些，都显现了上海医工院技术创新的整体实力、对医药行业技术创新的带动力。上海医工院国际合作也相继取得重要成果。如，与美国3M公司、哈博生物公司、佛罗里达大学、德国拜耳先灵制药公司、俄罗斯国家抗生素研究所、英国剑桥大学、日本大正制药公司、岛津中国公司开展合作，建立联合实验室或共同研发前沿性课题，进一步推动科技创新团队走向世界、科研水平接轨国际。上海医工院与一般科研院所相比，拥有上市公司作为科研成果中试放大和产业化基地，创新链条完备；与一般企业相比，又形成了比较完备的技术创新格局和科研人才培育体系；与一般高校相比，我们建立了切近市场、富有特色的药学人才培养机制，技术创新人才的后续力量不断强化。内部产学研一体化良性小循环得以形成。同时在与企业、高校强化对接与合作中，共同构筑了产学研相结合的技术创新大循环，以不断提升行业的技术创新水平。以小循环推动大循环，以大循环优化小循环，相得益彰，卓有成效。上海医工院是国家创新型企业、上海市创新型企业、上海市高新技术企业、上海市专利工作示范企业、上海市知识产权工作培育企业等。上海医工院还是上海市文明单位。上海医药工业研究院的历史是中国医药科研发展的一个侧影，是整个中国医药工业研究总院以及下属各公司、研究所、研究中心共同的辉煌历史。