中国科学院上海巴斯德研究所的定位与目标是揭示重大传染病病原体持续感染致病机制、免疫保护机制与免疫病理机制，突破免疫治疗的共性技术瓶颈问题，形成重大传染病的诊断、预防、治疗解决方案。依托巴斯德国际网络联盟，服务国家、区域、全球传染病防控需求，建成传染病防控领域中特色鲜明的标杆式国际化研究所。上海巴斯德所致力于在病原体持续性感染分子机制及治疗策略、重大传染病中免疫应答与免疫失衡的机理研究、传染性疾病基因工程疫苗及抗体的研发等方面取得重大出破。重点发展虫媒病毒性传染病的分子机制、新型病原体发现的综合鉴定技术及重大传染病小型动物模型的建立、以结构生物学为基础的新型疫苗和抗体设计、重要病原免疫信号网络的关键节点研究、应用影像学等技术研究感染条件下免疫细胞与局部组织之间的实时作用揭示免疫调节的新机制、新原理等五个前沿领域。